Не надо алгоритмов. Емкость на входе задавит шумы, и опорное для АЦП тоже надо отфильтровать. Не знаю, есть ли у процессора нога для этого. Кажется, есть. Существуют ещё прецизионные генераторы опорного напряжения… Дорогие, правда… И питанию надо уделить особое внимание, и резисторы стиков питать от отдельного стаба… И т.д. и т.п.
А надо сделать возможность выбора! Или разрешение оставить 10 бит, но и чтобы возможность интеграции по времени была. В конце концов, на входы АЦП тривиально вешаются интегрируюшие конденсаторы, и дрожь уже меньше…